同时，我们必须清醒地看到，我国农机化发展仍然存在较多薄弱环节，如：水稻机械插秧、玉米机收水平不到17%油菜机播、机收水平仅为10.4%和8.8%马铃薯播种、收获、甘蔗收获、棉花收获、花生收获等环节的装备尚处于试验试制阶段，畜牧水产养殖业、林果业、农产品初加工、设施农业等机械化发展也滞后于实际需求。这些薄弱环节机械化问题如不尽快解决，不仅将制约农机化全面协调发展，也将影响农业现代化进程。
造成这些薄弱环节机械化发展较慢的原因很多，农机农艺结合不够紧密是其中一个重要因素。主要表现在：农机与农艺的联合研发机制尚未建立，一些作物品种培育、耕作制度、栽植方式不适应农机作业的要求，农民种植养殖习惯差异大，种养标准化程度偏低等。
农机化薄弱环节发展缓慢问题，成为当前亟需解决的一件事。
采棉机等薄弱环节农机产品补贴有望增加《关于全面深化农村改革加快推进农业现代化的若干意见》指出加快发展现代种业和农业机械化。建立以企业为主体的育种创新体系，推进种业人才、资源、技术向企业流动，做大做强育繁推一体化种子企业，培育推广一批高产、优质、抗逆、适应机械化生产的突破性新品种。推行种子企业委托经营制度，强化种子全程可追溯管理。加快推进大田作物生产全程机械化，主攻机插秧、机采棉、甘蔗机收等薄弱环节，实现作物品种、栽培技术和机械装备的集成配套。积极发展农机作业、维修、租赁等社会化服务，支持发展农机合作社等服务组织。
